X professzor iskolájának mutánsai örök veszélyben élnek. A világ nem hajlandó megtanulni, hogy a különleges képességekkel rendelkező majdnem-emberek csupán a jó ügy érdekében alkalmazzák tudásukat.
Persze, az előítéletek nem minden alap nélküliek: egy ismeretlen ellenség - aki valószínűleg szintén rendkívüli képességekkel bír - szörnyű terrortámadást hajt végre, és ez ismét felkorbácsolja a mutánsellenes érzelmeket.
William Styker, a katonatiszt, aki korábban mutánsokon kísérletezett, a leghangosabb mutáns-ellenes. Embereivel elfoglalja az iskolát, és offenzívát indít a professzor tanítványai ellen.
A bajban a mutánsok a legváratlanabb helyről kapnak segítséget. Magneto megszökik műanyagbörtönéből, és szövetséget ajánl Xavier professzornak. Elég egy szikra, és kirobban az első háború mutánsok és emberek között.
