A G.I. Joe csapat tagjai éppen egy rádióhullámokat kibocsátó, az emberiség energiaellátását forradalmasító átviteli berendezést tesztelnek, amikor ősi ellenségeik, a Cobrák, az emberiség szabadságát és létét veszélyeztető terroristacsoport tagjai váratlanul megtámadják őket. A Cobrák, a negyvenezer éves múltra visszatekintő kígyóemberek törzsének csupán egyetlen célja van ezzel az akcióval: mégpedig az emberi faj félreállítása és a több generációval ezelőtti Cobra-egyeduralom visszaállítása. Szerencsére a Joe-k minden erejükkel ellenállnak a gonosz seregnek; több összecsapás után végül azonban a Cobrák közel kerülnek a végső győzelemhez: céljuk eléréséhez ugyanis ellopják az energiaátvivő berendezést, a BET-et, amellyel olyan spórákat juttathatnak a Földlégkörébe, melyek hatására az emberiség az egyszerű, együgyű egysejtűek szintjére süllyed vissza. Ehhez azonban a G.I. Joe csapatnak is lesz még egy-két szava...
